Начало 90-х. Новая творческая инициатива Московского Дворца детского и юношеского творчества (МГДДЮТ) - создать на своей базе Лицей. Целью авторов этой новой перспективной идеи было создать условия наиболее одарённым и творческим воспитанникам Дворца в единой инновационной системе получать общее углублённое и профильное образование, ориентированное на продолжение своего интеллектуального и творческого роста в высших учебных заведениях. Проведённая в 1990-92 годах подготовительная работа, в том числе и создание профильных классов на базе отдела художественного творчества и её результаты позволили Дворцу совместно с Московским Комитетом образования открыть 1 сентября 1992 года лицей «Воробьёвы горы».

Лицей является многопрофильным общеобразовательным учреждением: представлены следующие образовательные направления: биолого-химическое, гуманитарное, информационно-технологическое, социально-экономическое, физико-математическое. Зачисление в лицей производится путем конкурсного отбора, проводимого в два тура — общелицейский и факультетский.  

Преподавание базовых и профильных предметов осуществляется высококвалифицированными учителями, а также преподавателями ряда московских ВУЗов, в том числе МГУ, РГГУ, МПГУ и ряда других. Среди вузовских преподавателей лицея - доктора и кандидаты наук, руководители кафедр и лабораторий, в том числе ряда научных учреждений РАН РФ.

Лицей имеет договорные отношения с МГУ им. Ломоносова, Московским городским и Московским государственным педагогическими университетами, МИРЭА, Государственным астрономическим институтом им. Штенберга.

Наряду с типовыми в лицее широко используются авторские и вариативные учебные программы, многие из которых разработаны учителями Лицея. Помимо традиционных форм работы с детьми, в Лицее широко используются защита курсовых и творческих работ, совместная разработка образовательных программ с учеными, аспирантами и преподавателями, семинары, тренинги, деловые игры, а также различные формы выездных мероприятий. Лицеисты ежегодно участвуют в работе фольклорных, археологических и других учебно-исследовательских экспедициях, внутригородских и выездных экскурсиях.  

За время существования Лицея его учащиеся десятки раз принимали участие в самых различных конкурсах и олимпиадах городского, российского и международного уровня, занимая на них призовые места.

 В географии обучения выпускников Лицея — практически все факультеты МГУ и РГГУ, медицинские и юридические университеты и академии, РУДН, Московский городской и Московский государственный педагогические университеты, МГИМО, Академия внешней торговли, Финансовая академия. Кроме того, выпускники Лицея успешно продолжают обучение за рубежом.

Особенностью Лицея, связанной с его размещением на территории МГДД(Ю)Т, являются широкие возможности для отдыха и досуга, предоставляемые Дворцом. Помимо тесного сотрудничества с отделами Дворца в образовательном процессе, лицеисты имеют возможность участия в любой из многочисленных программ, осуществляемых Дворцом. В распоряжении Лицея по Договору с МГДДЮТ находятся планетарий, обсерватория, зоомузей, живой уголок, зимний сад, оранжерея с уникальным методическим материалом и коллекциями живых растений, библиотека, спортивные сооружения Московского городского дворца детского и юношеского общества, лаборатории институтов и университетов МИРЭА, МГУ, МПГУ, МГПУ и Политехнического музея.